公司設立辦公室（黨辦、董辦）、組織人事部、黨建工作部、財務資產部、紀檢工作部、投資發展部、工程管理部、運營管理部、應急管理部、審計部、合規管理部11個部門。

       現有全資子公司1家：海南水務投資有限公司；控股子公司14家：定安、陵水、瓊中、屯昌、保亭、五指山、澄邁、臨高、儋州、昌江、白沙、東方、樂東、海控環保等14市縣水務（污水處理）公司；參股子公司3家：瓊海、萬寧、文昌市縣水務（污水處理）公司。